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종중, 문중 고유목적사업 토지 양도소득세 법인세 비과세 요건과 전략

법인세

by 유준혁 세무사 2025. 2. 5. 22:28

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※ 당사는 누적 100건 이상 종중과 문중 및 비영리법인이 보유하던 토지 등 재산 양도시 비과세 적용을 위한 조세불복을 진행하였습니다. 

 

※ 종중, 문중, 비영리법인 조세복에서 부과처분 취소액은 최대 62억원입니다.

 

안녕하세요 종중, 문중 등 비법인 사단과 비영리법인 전문 유준혁 세무사 입니다.

 

매년 종중 등에 대한 업무를 진행하면서 느끼는 한가지 특징은 국세청 내부적으로 매년 세무공무원 업무 감사시 종중 등이 신고한 양도소득세와 법인세에 대한 적법성 검증과 재조사를 증가시키고 있다는 점 입니다.

 

그러나 국세청 의지와 달리 이를 담당하는 세무공무원들은 종중, 문중, 비영리법인에 대한 이해도가 낮으며, 

 

관련 사건을 접해본 적도 없는 경우가 많고, 이로 인해 종중, 문중, 비영리법인과 관련된 법률에 대한 해석과 적용에 숙련도가 매우 낮은 것이 현실입니다.

 

그로 인해 무분별한 환급 거절이나, 과세 시도가 이어지고 있어,

 

이를 대응 하기 위해

어떤 요건을 충족하는 경우 명백히 종중과 문중, 비영리법인이 양도한 자산이

비과세에 해당하는 것인지 말씀드리고자 합니다.

 

 

1. 종중과 문중이 양도한 임야나 농지에 대한 비과세 요건 2가지는 다음과 같습니다.

 

▷ 비과세 요건 상세 설명

 

1) 결론부터 말씀드리면 종중과 문중이 임야나 농지를 양도하고 비과세를 적용받기 위해서는 법인으로 보는 단체로 승인받은 종중과 문중이어야만 가능합니다. (종중과 문중의 법인격 보유 요건)

 

종중과 문중이 양도한 자산에 대한 비과세는 법인세법 제4조 제3항 제5호 단서에서 규정하고 있기 때문입니다.

 

법인세법은 법인에게만 귀속하여 적용되는 법률인데, 위와 같이 종중과 문중이 양도한 자산에 대한 비과세는 '법인세법'에서 규정하고 있으므로,  법인세법상 비과세 적용을 위해서는 반드시 종중과 문중 등이 법인의 인격을 갖춘 경우에야 비로소 비과세 규정 적용 대상이 되는 것입니다. 

 

그리고 종중과 문중이 법인으로 승인을 받아 법인격을 갖고 있는 경우라면, 고유번호증 중간 코드는 아래와 같이 '82'를 사용하고 있을 것입니다. (고유번호증으로 종중이 법인인지 여부를 판단하는 방법)

 

 

2) 위와 같이 종중과 문중의 인격이 법인인 것으로 확인되었다면, 다음 요건은 양도한 자산이 양도일(잔금청산일 or 명의이전 등기일 중 빠른 날)을 기준으로 과거 3년 동안 계속하여 종중과 문중 규약 혹은 회칙상 정해진 고유목적사업에 직접 사용되었어야만 합니다. (고유목적사업에 계속하여 3년 사용 요건)

 

위 두번째 요건은 실제 조세불복을 일으키는 가장 큰 주요 원인입니다.

 

※ 고유목적사업에 사용한다는 것은 오로지 고유목적사업에만 전용하여 사용할 것을 의미하지는 않습니다. 따라서 수익사업에 공용으로 사용되었다고 하더라도 고유목적사업에 사용된 면적에 대해서는 여전히 비과세를 적용받으실 수 있는 것입니다.

 

아울러, 양도일 기준 과거 3년간 계속하여 고유목적사업에 사용하였다라는 것을 예로 들어보면,

2024.12.31. 을 양도일이라고 가정할 때, 2022.01.01. ~ 2024.12.31. 의 3년 기간 내내 양도한 자산을 고유목적사업에 직접 사용하고 있었다는 것을 의미합니다.

 

그래서 양도일을 기준으로 양도한 임야나 농지 위에 묘지(분묘)가 위치해있는 상태가 3년 이상 지속되었다면 당연히 비과세 대상에 해당하는 것이며, 사당이 위치한 토지 역시 마찬가지 입니다.

 

가끔 표준 규약을 사용하지 않는 종중에서는 종중 규약에 '위토를 보존하고 수호하는 것' 역시 고유목적사업으로 넣고 있는데, 이 경우 위토 역시 마찬가지로 비과세 대상에 해당될 수 있는 것입니다. 

 

 

2. 위 요건에 따라 종중이 양도한 토지의 모든 면적에 분묘(묘지)가 있지 않더라도 전체 양도 토지에 대해 비과세가 가능합니다.

 

종중이 양도한 토지 위에 분묘는 위치하고 있으나, 이 글을 읽고 계신 종중원, 문중원 분들께서는 잘 아실 것입니다. 모든 토지 위에 빼곡히 분묘나 묘지가 위치하고 있지는 않습니다. 

 

하여 국세청에서는 10,000평의 토지 중에 4,000평에만 분묘가 위치해 있었고, 나머지 6,000평에는 분묘가 위치해 있지 않았다면 4,000평에 대해서만 비과세를 적용해야 하는 것이라고 주장하며 6,000평에 대한 비과세 적용을 배제하려는 시도를 합니다. 

 

그러나 법인세법상 비과세 규정에서는 고유목적사업에 사용할 것만을 규정하고 있지, 모든 토지 위에 분묘가 위치해 있을 것을 비과세 요건으로 하고 있지 않으며, 

 

종중 규약에서도 묘지를 가꾸는 것에 국한하여 고유목적사업을 제정한 것이 아니라 분묘 수호라는 더 광범위한 내용을 고유목적사업으로 하고 있으므로, 

 

하기 판시 내용과 같이 나머지 6,000평에 분묘가 위치해있지 않더라도 타인에게 임대하여 수익사업을 영위한 사실이 없다면, 4,000평 분묘와 연접하여 분묘의 유지 및 보존에 공하는 종중 토지로서 여전히 고유목적사업에 사용된 것으로 인정되는 바, 종중이 양도한 10,000평 전체가 비과세 대상에 해당되는 것입니다.

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쟁점임야는 임대 또는 수익 목적으로 제3자에게 지상권을 설정하거나 저당목적물로 제공되는 등 다른 용도로 사용하지 않았고, 양도 당시 조상 분묘의 유지ㆍ보존에 공하는 종중선산으로서 기능을 유지한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분일 현재 3년 이상 계속하여 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용된 것으로 봄이 타당한 것으로 판단되므로 이 건 법인세 과세표준 및 세액을 경정함이 타당함 

 

 

3. 종중과 문중이 현재 법인이 아니더라도 비과세 적용이 가능합니다.

 

종중과 문중이 현재 법인이 아니라 하더라도 비과세를 적용받지 못하는 것은 아닙니다.

 

1) 종중과 문중이 고유번호증 중간에 '80' 코드를 사용하는 개인이거나, 고유번호 자체가 없는 개인인 경우 중간 코드를 '82'를 사용하는 법인으로 보는 단체로 변경한 뒤 자산을 양도하면 여전히 비과세를 적용받을 수 있는 것이고,

 

2) 이미 고유번호증이 없거나 고유번호증 중간 번호를 '80'을 사용하는 상황에서 토지를 양도한 상태라 할지라도, 양도 이후에 법인으로 종중 인격을 변경하거나 법인으로 승인을 받는 과정에서 양도일과 법인 사업연도 종료일의 기간을 1년 미만이 되도록 전략적으로 설정한다면 여전히 비과세가 가능한 것입니다.

 

 

4. 국세청의 실수 법인으로 보는 종중에 양도소득세를 부과하는 경우, 부과 후 5년 이내라면 다시 세금 환급을 다툴 수 있습니다. 

 

최근 당사에서도 진행하고 있는 종중 조세불복 건 중 하나 인데, 

 

부산 00 세무서에서 00종중이 법인임에도 양도소득세를 부과처분한 사안에서 이미 부과처분 이후 2년의 시간이 지나는 바람에 당초 부과된 양도소득세에 대해 조세불복 또한 제기 하지 못하는 상황이었습니다. 

 

그러나 양도소득세는 법인인 종중에게는 부과할 수 없는 바, 

 

당사는 법인세 기한 후 신고를 통해 종중에게는 법인세를 부과해야 한다고 신청하였고,

 

한가지 행위에 대해 2가지 세금이 부과될 수는 없는바, 최종적으로 법인세로 확정되며 후발적 경정청구를 통해 당초 양도소득세를 모두 환급받고, 

 

법인세 비과세 부분에 대해 조세불복의 기한이 모두 지났음에도 불구하고 계속하여 다툴 수 있는 길을 만들었습니다. 

 

하여 당장이라도 법인 종중에 해당되시는데 과거 부과처분 받은 사실이 있으시다면, 꼭 어떠한 세금으로 부과받으셨는지 다시 한번 확인하시어 세금 환급의 길을 만드시면 좋겠습니다.

 

 

5. 당사는 대한민국에서 종중을 가장 잘 알고, 가장 많은 종중 사건을 진행하고 있습니다.

 

종중과 문중은 선조부터 시작된 역사 그 자체입니다.

 

현행 법률이 제정되기도 전에 존재하던 비법인 사단으로서의 집단이므로 현행 법률로써는 모두 커버할 수 없는 한계가 있습니다. 이렇기에 종중 세금에 대해서는 무분별한 과세가 이행되기도 합니다.

 

하여 당사는 선조들께서 쌓아 올리신 공든 탑이 계속 굳건하실 수 있도록 최선을 다해 지키고 있습니다.

 

종중과 문중 비과세 관련해서는 아래로 질의 주시면 언제든지 신속히 답변드리겠습니다.

 

긴 글 읽어주시어 감사드립니다.

 

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